Το Στάδιο ως τόπος των σύγχρονων Ολυμπιακών Αγώνων του 1896
Στα τέλη του 18ου και στις αρχές του 19ου αιώνα γίνονται συντονισμένες προσπάθειες προσέγγισης και αποτύπωσης του Σταδίου. Οι πρώτες συστηματικές ανασκαφές θα γίνουν το 1869/1870 από τον Γερμανό αρχιτέκτονα Ερνέστο Τσίλλερ με την οικονομική στήριξη του βασιλιά Γεωργίου Α΄. Η συμβολή του Τσίλλερ είναι καθοριστική για την ανασύσταση του Σταδίου.
Πριν όμως την πρώτη ανασκαφή του Τσίλλερ, δέκα χρόνια νωρίτερα, είχαν διοργανωθεί στην Αθήνα τα Ζάππεια Ολύμπια στο πλαίσιο εθνικών βιομηχανικών και γεωργικών εκθέσεων από τον Ευαγγέλη Ζάππα. Από τις τέσσερις Ζάππειες Ολυμπιάδες (1859, 1870, 1875 και 1888-1889), οι δύο (1870 και 1875) διοργανώθηκαν στο Παναθηναϊκό Στάδιο, μετά από σχετική διαμόρφωση του χώρου. Ο Ζάππας επιθυμούσε την ανακατασκευή του Σταδίου με λίθινα ειδώλια, εν τούτοις η μεγάλη δαπάνη ανέστειλε το σχέδιό του.
Η ιδέα της ανακατασκευής του υλοποιήθηκε μερικά χρόνια αργότερα, το 1896, με αφορμή την αναβίωση των σύγχρονων Ολυμπιακών Αγώνων σε διεθνές επίπεδο και την πρώτη διοργάνωσή τους στην Αθήνα. Κορυφαία πρόσωπα στο κάδρο της ιστορίας της αναβίωσης ήταν ο Γάλλος βαρώνος Pierre de Coubertin, o λόγιος Δημήτριος Βικέλας και ο μέγας χορηγός των Αγώνων Γεώργιος Αβέρωφ, οι οποίοι διαδραμάτισαν κεντρικό ρόλο την περίοδο 1894-1896.
Η απόφαση ανάθεσης των Αγώνων στην Αθήνα ήταν ιδιαίτερα σημαντική για την Ελλάδα και τη διοργανώτρια πόλη. Ένα από τα σημαντικά ζητήματα, μεταξύ άλλων, που όφειλε να επιλύσει η Οργανωτική Επιτροπή των Αγώνων ήταν πρωτίστως η κατασκευή αθλητικών χώρων για την τέλεση των αγωνισμάτων. Ένας από αυτούς, ο σημαντικότερος, ήταν το Στάδιο.
Η ανακατασκευή του κρίθηκε απολύτως απαραίτητη για την επιτυχή τέλεση των Αγώνων. Το συνολικό κόστος του έργου ανέλαβε ο εθνικός ευεργέτης Γεώργιος Αβέρωφ. Το σχέδιο του Σταδίου συντάχθηκε από τον αρχιτέκτονα Αναστάσιο Μεταξά με βάση τα σχέδια της ανασκαφής του Τσίλλερ (1869/1870), ενώ για τη διαμόρφωση του στίβου κλήθηκε στην Αθήνα ο Άγγλος, ειδικός τεχνικός, Charles Perry. Την εργολαβία ανέλαβε ο Περικλής Κυριακός, καθηγητής Μηχανολογίας στο Πολυτεχνείο. Η Επιτροπή των Αγώνων για να τιμήσει τον μέγα χορηγό ανήγειρε ανδριάντα, φιλοτεχνημένο από τον γλύπτη Γεώργιο Βρούτο που τοποθετήθηκε στην είσοδο του σταδίου.
Το Παναθηναϊκό Στάδιο στη διάρκεια των Ολυμπιακών Αγώνων έζησε πρωτόγνωρες στιγμές δόξας, ενθουσιασμού, συγκίνησης και πατριωτισμού. Στο Στάδιο χτυπούσε η καρδιά της Ελλάδας όλες τις ημέρες των Αγώνων. Κορυφαία όμως στιγμή ήταν ο τερματισμός στο Στάδιο του Σπύρου Λούη, νικητή στο μαραθώνιο αγώνισμα. Σε ένα από τα δεκάδες δημοσιεύματα της εποχής αναφέρεται χαρακτηριστικά:
«Στη φαντασία του πλήθους είχε μεταβληθεί σε κήρυκα εθνικής νίκης. Έγινε το πρόσωπο της ημέρας και η νίκη του μυθοποιήθηκε. Η νίκη του Λούη “εύρε το Στάδιον, συγκεκινημένον, κατεχόμενον υπ’ αλλοφροσύνης, ανάστατον όλον από του ανωτάτου άρχοντος μέχρις αυτών σχεδόν των ψυχρών εδωλίων…”.».
Μετά τη λήξη της επιτυχημένης διοργάνωσης των Αγώνων του 1896, οι εργασίες στο Στάδιο συνεχίζονται και ολοκληρώνονται σε δεύτερη φάση το 1904. Δύο χρόνια αργότερα το Στάδιο έτοιμο υποδέχεται τους «Β΄ Διεθνείς Ολυμπιακούς Αγώνες 1906», γνωστοί ως «Μεσολυμπιάδα». Οι Αγώνες αυτοί διακρίθηκαν για την επιτυχημένη οργάνωση και την υψηλή συμμετοχή αθλητών και θεατών από την Ελλάδα και το εξωτερικό.
